1990年
前年に日本初の折り紙専門ギャラリー「おりがみはうす」を開設した折り紙作家の山口真氏と、おりがみはうすで作品展を行った木村良寿氏、西川誠司氏、吉野一生氏を中心にして、前身となるグループ「折紙探偵団」が結成される。
初代団長は木村氏。
1990年4月
B5判モノクロ会報の『折紙探偵団新聞』発行開始。
第1号は、8ページ・定価100円。1999年2月までほぼ隔月で刊行。
1992年8月
日本折紙協会のシンポジウムに招待を受け、ロバート・J・ラング氏が初来日。
折紙探偵団メンバーとも交流を深める
1993年4月
西川誠司氏が2代目団長に就任。
1993年5月
双樹舎より折り紙専門誌『季刊をる』第1号刊行。
同誌は折紙探偵団の全面協力のもと16号まで刊行された。
1995年6月
アメリカの折り紙団体OrigamiUSAのコンベンション（1994年6月）に参加し、その運営に感激した山口真氏の提案から「第1回折紙探偵団コンベンション」が開催される。
以後毎年実施され、恒例のイベントに成長。
1996年
吉野一生氏が3代目団長に就任（同氏療養中に付き西川誠司氏が代行）。
折紙探偵団ホームページ開設。
8月に亡くなった吉野一生氏を偲び、吉野一生基金を設立。
1997年
吉野一生基金の第1回招待者としてリック・ビーチ氏をコンベンションに招く。
1998年11月
初の地方コンベンション、折紙探偵団静岡コンベンションが開催される。
1999年4月
会員数の増加に対応する形で、会の名称を「日本折紙学会」と改称し、規約を制定、組織を一新する。
評議員代表に西川誠司氏が選出される。 馴染み深かった『折紙探偵団』の名称は、『折紙探偵団新聞』から新装した機関誌およびウェブサイトの名称となる。
1999年5月
新装刊となった『折紙探偵団マガジン』発行。
表紙・本文2pカラー、40ページ。
1999年8月
第5回折紙探偵団コンベンション開催。
この回より会期が3日間となり、初日にはJOAS総会と特別講演会が行われるように。
1999年10月
日本折紙学会初の後援イベント、龍野市立歴史文化資料館「折る～折り紙の歴史」展開催。
1999年10月
関西在住の有志メンバーにより、折紙探偵団関西友の会発足。
友の会制度に発展する。
2000年3月
「日本折紙学会支援応募要項」作成 。
2000年3月
「吉野一生基金海外渡航助成」開始。
2000年5月
第1回折紙探偵団関西コンベンション開催。
2004年4月
「折紙指導員制度」運用開始。
2004年8月
第10回記念折紙探偵団国際コンベンション開催。特別ゲストとして、国際折り紙研究会・吉澤章氏をお迎えする。吉野一生基金による招待は4名、海外から12カ国52名の参加を得る。
同コンベンションにて初の試み「妖怪折り紙コンテスト」実施。選考に、漫画家・水木しげる氏を迎える。
2005年5月
「知的財産としての折り紙について」一般公開。
2005年5月
折紙図書館仮運用開始。
2005年8月
折紙探偵団東海友の会発足。
2005年11月
第1回折紙探偵団名古屋コンベンション開催。
2006年4月
西川評議員代表の任期満了を経て、新評議員代表に前川淳氏が着任。
2006年4月
JOASホールオープン。
2006年12月
「第1回折り紙の科学・数学・教育研究集会」をJOASホールで開催。
2007年5月
折紙図書館データベースをウェブ公開。
2007年8月
第13回折紙探偵団コンベンションにて、「第1回JOAS創作折り紙コンテスト」開催。
2008年3月
折紙探偵団九州友の会発足。
2008年5月
名誉顧問の伏見康治先生ご逝去。
2008年9月
折り紙の知的財産権検討基金を設立。
2008年10月
おりがみはうす代表、山口真氏主催の「第1回国際折紙著作権会議」に会として運営協力。
2009年1月
ウェブサイトリニューアル。
2009年4月
前川評議員代表の任期満了を経て、新評議員代表に西川誠司氏が着任。
2010年6月
「COP10おりがみプロジェクト」にパートナー団体（芸術協力）として協力
2011年5月
論文誌『折り紙の科学』を創刊。
2011年8月
東京大学名誉教授・三浦公亮氏が会長に就任。
2014年4月
折紙指導員向け文書「折り紙講習での作品選定について」公開
2013年9月
西川評議員代表の任期満了を経て、新評議員代表に津田良夫氏が着任。
2014年8月
第6回折り紙の科学・数学・教育国際会議（6OSME）開催
2014年8月
Web折紙アートミュージアム公開。
2014年8月
第20回記念折紙探偵団国際コンベンション開催
2015年2月
会の設立よりその発展に尽力された山口真顧問へ感謝状を贈呈。
2015年8月
国際大学折紙連盟（ICOA）発足、第1回作品展を開催。
2016年11月
折紙探偵団東北友の会発足。
2018年4月
新評議員代表に前川淳氏が着任。
2020年4月
ウェブサイトリニューアル
2020年4月
オンライン例会開始。パンデミック中は、研究集会、コンベンションもオンラインでの活動が中心となる。
2020年10月
顧問・岡村昌夫氏ご逝去。
2021年4月
新評議員代表に西川誠司氏が着任。
2023年4月
山口真事務局長が退任し、顧問に就任。新事務局長に野口マルシオ氏、新評議員代表に前川淳氏が着任。
2023年8月
副会長に山口真氏が着任。
2024年1月
顧問・津田良夫氏ご逝去。
2024年5月
顧問・比嘉佑典氏ご逝去。
2024年11月
会として編集に携わった『折り紙の事典』刊行。
2025年4月
新評議員代表に西川誠司氏が着任。
2025年6月
折紙探偵団北陸友の会発足。